Metodi molecolari nella diagnosi fitobatteriologica

Le tecniche tradizionali attualmente utilizzate nella diagnosi delle malattie batteriche delle piante - che si basano essenzialmente su saggi morfologici, biochimici, nutrizionali e di patogenicità - nonostante siano molto accurate richiedono tempi di esecuzione assai lunghi e, avendo in genere bassa sensibilità, non sono applicabili su un numero elevato di campioni. Con l’avvento della biologia molecolare e, in particolare della reazione a catena della polimerasi (PCR), tali tecniche vengono progressivamente affiancate e sostituite da quelle molecolari, che, al contrario, sono in genere rapide, specifiche e sensibili. Molti protocolli diagnostici molecolari, attualmente adoperati in fitobatteriologia, prevedono l’amplificazione mediante PCR, talvolta seguita dalla digestione degli ampliconi con enzimi di restrizione, di geni cromosomiali o plasmidici della patogenicità e/o della virulenza del batterio target, di sequenze geniche dell’operone rDNA, come 16S e 23S rRNA, regioni spaziatrici trascritte e tRNA. L’identificazione e la caratterizzazione dei batteri fitopatogeni si avvale altresì delle tecniche di fingerprinting accoppiate ad opportune analisi statistiche, come randomly amplified polymorphic DNA (RAPD), repetitive sequence-based-PCR (rep-PCR) e amplified fragment length polymorphism (AFLP). Recentemente sono state sviluppate metodi molecolari che stanno aprendo nuovi orizzonti nella diagnosi delle malattie batteriche delle piante, in particolare immunocapture-PCR, nested-PCR, real-time PCR e la tecnologia DNA microarray, che, tra l’altro, incrementano notevolmente la sensibilità e la riproducibilità dei protocolli. Le informazioni sul sequenziamento dell’intero genoma dei batteri fitopatogeni, attualmente limitate ad alcune specie, quando complete, daranno un consistente impulso al settore della diagnosi fitobatteriologica, per la presumibile individuazione di sequenze specifiche per ciascun batterio fitopatogeno.